वनस्पति विज्ञान की प्रमुख शाखाएँ निम्नवत हैं –
| एंथोलॉजी | पुष्पों का अध्ययन |
| एग्रोनामी | फसली पादपों का अध्ययन |
| हार्टीकल्चर | फल,सब्जियों तथा उद्धान पादपों का संवर्द्धन व अध्ययन |
| फ्लोरीकल्चर | सजावटी पुष्पों का संवर्द्धन एवं अध्ययन |
| डेन्ड्रोलॉजी | वृक्षों एवं झाड़ियों का अध्ययन |
| हेरिडिटी | पैतृक लक्षणों का सन्तति में पहुँचने का अध्ययन |
| जेनेटिक्स | आनुवंशिक विभिन्नताओं का अध्ययन |
| प्लांट मार्फोलॉजी | पादपों की आकारीय संरचना |
| पैलियोबाटनी | पादप जीवाश्मों का अध्ययन |
| फार्मेकोलॉजी | औषधीय पादपों का अध्ययन |
| फिजियोलॉजी | विभिन्न पादप जैविक क्रियाओं का अध्ययन |
| हिस्टोलॉजी | ऊतकों का अध्ययन |
| वायरोलॉजी | विषाणुओं का अध्ययन |
| टिश्यू कल्चर | कृत्रिम विधि से उतकों का संवर्द्धन |